YÖK'ten alınan bilgiye göre, bilimsel yayın sıralamasında İstanbul Üniversitesi, Öğretim üyesi başına düşen yayın oranına göre ise TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi ilk sırada yer aldı.

''Tam makale''ler dikkate alınarak yapılan sıralamaya 78 üniversite dahil edilirken, yeni kurulan 15 üniversite yer almadı. Öğretim üyesi sayısı, ÖSYM'nin 2005-2006 yılı Yükseköğretim İstatistikleri kitabından alınarak belirlendi.

Üniversitelerdeki bilimsel yayın sayıları sıralamasında İstanbul Üniversitesi 1161 bilimsel yayın ile ilk sırada yer alırken, bunu 1017 yayın ile Hacettepe Üniversitesi ve 904 yayın ile Ankara Üniversitesi izledi.

Öğretim üyesi başına düşen yayın sayısında ise ilk sıraları vakıf üniversiteleri aldı. TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi birinci sırada, Işık Üniversitesi ikinci, Başkent Üniversitesi ise üçüncü sırada yer aldı.

Çağ Üniversitesi ve Mimar Sinan Üniversitesi, İstanbul Ticaret Üniversitesi ile Haliç Üniversitesi en az bilimsel yayına sahip üniversiteler oldu. 2006 yılında yayın sayıları sıralamasına göre üniversiteler şöyle:

ÜNİVERSİTE ADI BİLİMSEL YAYIN SAYISI
1. İstanbul Üniversitesi 1161
2. Hacettepe Üniversitesi 1017
3. Ankara Üniversitesi 904
4. ODTÜ 710
5. Gazi Üniversitesi 694
6. Ege Üniversitesi 594
7. İstanbul Teknik Üniversitesi 544
8. Dokuz Eylül Üniversitesi 508
9. Ondokuz Mayıs Üniversitesi 457
10.Atatürk Üniversitesi 448

2006 yılında öğretim üyesi başına düşen yayın oranları ise şöyle:

ÜNİVERSİTE ADI BİLİMSEL YAYIN ORANI
1. TOBB Ekonomi ve Teknoloji Üniversitesi 1.21
2. Işık Üniversitesi 1.09
3. Başkent Üniversitesi 1.05
4. Koç üniversitesi 1.04
5. Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü 0.98
6. ODTÜ 0.97
7. İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü 0.97
8. İnönü Üniversitesi 0.84
9. Bilkent Üniversitesi 0.84
10.Çankaya Üniversitesi 0.83